谢谢邀请，此问题说的是有宅基地使用证，而国土部门没有登记档案，土地证如果是真实的，可以肯定的说，有效。第一，我们先介绍一下相关概念，宅基地使用证是不动产登记机构对不动产情况进行审查、登记后，颁发给不动产权利人用于证明其享有不动产权利的证书，是农民合法使用农村宅基地的有效凭证，由本地政府颁发，受法律保护，现在称为宅基地不动产权证，由权利人持有，不动产权证作为享有不动产物权的证明，发生权属争议时，一般可以依据不动产权证书来解决纷争，确认权利。土地档案也称《不动产登记簿》，是不动产统一登记的核心依据，由登记机构管理，按照《不动产登记暂行条例》的规定，《不动产登记簿》记载不动产的坐落、界址、空间界限、面积、用途等自然状况;不动产权利的主体、类型、内容、来源、期限、权利变化等权属状况;以及涉及不动产权利限制、提示的事项等。第二、证书与档案的关系，不动产权证书记载的事项，应当与不动产登记簿一致，记载不一致的，除有证据证明不动产登记簿确有错误外，以不动产登记簿为准，二者为主副册的关系。如果不动产证丢失，可以查询不动产登记档案，申请补发。如果有证而没有档案，一般有几种原因，一种是不动产管理机构将档案丢失，宅基地发证时间比较早，保管机关搬家、相关人员借阅等，转移档案过程中丢失；一种是宅基地的土地登记机关沿革复杂，乡镇政府、县市政府、农业、发改、土地等部门发过土地证，档案交接过程也会发生档案丢失问题；一种是发生洪水等意外，导致档案丢失；一种是特殊原因，只发证了，没有形成档案。
第三、出现仅有土地证而没有档案的情况时，当事人应向登记部门进行说明，提交相关证据，包扩书证、邻居证言、办理工作人员证言，缴费凭证等，登记机关经核实属实的话，会依职权补建档案的，并为当事人换发新的不动产证。这一点是毋庸置疑的，不用担心。