引起肠道健康失衡的主要原因：肠道健康失衡是一个比较宽泛、笼统的概念，它可以由许多因素和病原引起，各有各的特征。

饲料与管理因素：使用了劣质饲料，除了营养不均衡和吸收率差外，其中的粗纤维含量可能也会超标。也有的因为添加了劣质原料，破坏了肠道内环境，损伤肠粘膜乃至发病。肉鸡饮用了污浊的水源，会破坏鸡的肠道内环境，进而发生细菌或功能性腹泻。在肉鸡生长的不同时期，需要更换不同的饲料。而在更换饲料时过急过快，造成饲料应激，就会引起鸡的肠粘膜损伤，出现应激性腹泻。环境卫生差，消毒没做好，垫料潮湿，都很容易诱发肠道疾病。

疾病因素：肠道菌群失调。肉鸡肠道菌群失调，临床上主要表现为泡沫盲肠粪便、橙色粪便和大滩盲肠粪便；鸡只可能存在“勾料”（将颗粒饲料甩出料盘），“料粪”（粪便中出现未被消化的饲料）；饮水量增加。发生菌群失调时，肉鸡生产性能或不受影响，或使采食量减少，进而影响生长；脚病较常见。使用抗生素药物后，有时稀便可恢复正常，但以后的整个生长期内仍然易感，不能形成永久免疫力，病因不除，仍会复发；病毒性因素。病毒性肠炎，多与轮状病毒和呼肠孤病毒有关；球虫病。在肉鸡的整个养殖过程中，球虫病一直是最普遍的影响肠道健康和生长效率的重要疾病之一，而感染球虫后所引发的肠道病原菌感染，也是引发肠道疾病的重要原因。