随着国家对污染养殖场的管理取缔，发酵床养殖技术逐渐进入各养殖户的视线。这种养殖模式安全无污染，还能防病促长，明显提高养殖效益。但是发酵床在使用过程中，物料会逐渐消耗，需要定期补充菌种和垫料。

发酵床效果的好坏很大程度取决于菌种的数量与活性，因此需要定期补充菌种，提高粪便的分解效率。每间隔1个月左右给发酵床补一次菌，一般随着日常管理措施如翻动垫料、调节水分等补充菌种，也可以随着更新垫料的过程补菌。需要注意的是，在补充菌液时要注意发酵床的湿度，切勿补菌过程中导致发酵床水分含量过高影响活性。

发酵床垫料会随着禽畜的拱食、踩踏逐渐损耗，导致发酵床高度降低。这种情况下需要补充发酵床垫料，以保证发酵床分解效果稳定。一般一个月左右补充一次垫料即可，禽畜种类、大小不同，补充垫料的时间间隔与量也略有差异。平时饲养过程中，如发现部分区域垫料湿度大、粪尿较多，也可以在这块区域随时补充新鲜垫料。

补充垫料的方法和铺设发酵床时相似。一、将菌种与麦麸或玉米粉混合均匀备用。二、将圈舍内的禽畜转移出来。三、将表层发酵床垫料充分翻倒。四、将新鲜垫料铺到发酵床表面并与翻倒过的垫料充分混匀。五、将菌种混合物菌液撒到发酵床表面，边洒边翻，混合均匀即可。补充完垫料后便可将禽畜移回发酵床圈舍正常使用了。

发酵床的维护要细心，一旦发现发酵床活性降低，出现臭味，粪便分解变慢时就要及时补充垫料和菌种了，如果垫料发黑易粉碎，应将垫料翻出并补充新的垫料。翻出的垫料可以做优质有机肥。