治疗肠道疾病应遵循的原则有消除致病因素、排除内毒素保护肝肾、补充电解质和维生素、调节肠道内环境、消灭病原体及修复受损的肠道粘膜避免重复感染。

消除致病因素

主要是饲料因素和应激因素。如果不去贪图眼前的小利，饲料因素应该是可控的。消除应激因素，适时投喂电解多维、鱼肝油和维生素C等是有必要的。

排除内毒素，保护肝肾

一般的说中药较为适宜，比如清热解毒类中药等。

补充电解质和维生素

出现肠道疾病要标本兼治，不可有病乱投药。肠道疾病腹泻症状为标，致病因素即病原为本，不可只为止泻而忽略了对病原的消除；只为抗菌而忽略了对肠道毒素的排除和粘膜的保护；补充电解质和维生素，调节腹泻造成的体内电解质失调和酸碱平衡紊乱。只有采取积极的预防手段和标本兼治的原则，才可能最大的降低肠道疾病对肉鸡的危害。

调节肠道内环境

抑制厌氧菌的生长，保护肠道有益菌，维持肠道的正常pH值。常用的药物有甲硝唑、替硝唑和一些中药。

消灭病原体

主要包括细菌、病毒和寄生虫。以病原对药物的敏感程度，可选用喹诺酮类、多粘菌素类、氨基糖甙类等药物。

修复受损的肠道粘膜，避免重复感染