药源于自然，药性天成。中药与动物及动物微生态在宏观和微观环境中长期适应，形成了天然的协同互利关系，而且，中药大都是经过几千年的实践筛选保留下来的对人和动物有益的外源性精华物质。中药是天然产物,保存了多种成分的自然性和生物活性，这些物质原来就是生物机体的组成和维持生态平衡所不可缺少的。如：山楂丸、马钱子酊、山莨菪碱等治疗奶牛菌群失调症；用神曲配合健康牛胃内容物治疗牛菌群失调等，都可见中药基源的天然性。
整体观念是中兽医理论的重要特色之一
中兽医学认为，动物体是一个统一整体，脏腑之间互相关联，而且和外界环境不可分割。体现在治疗上就是以协调整体为主导的辨证论治。从单味中药看,绝大部分都含有复杂的成分，如果组成复方，其成分就更为复杂，众多药味及其复杂成分互相协调，共同作用于动物机体，其功效是复杂的，然而却是全面的、多角度的协调性（中药的水闸效应）。因此，中药复方的组合效应，是中兽药疗法的基本特色，也就是整体调节。有人也将中药的这种调节特点称为多功能性, 并将这种多功能性概括为: 营养作用、增强免疫作用、激素样作用、抗应激、适应原样作用、抗生素样作用、双向调节作用和复合功能等八大功能。
扶正祛邪是中兽医用药的基本法则之一
扶正就是增强机体的抗病能力;祛邪就是消除病因和病理产物。
中兽医往往重视和擅长于扶正。认为扶正是根本,祛邪的目的最终也是为了扶正。一些中药也具有抑杀病原微生物的作用, 尤其是清热解毒类中药以及某些解表药、收涩药、活血化瘀药等。中兽医运用中药祛邪(包括抑杀病原微生物)时,往往同时考虑扶正,即保护和增强机体的正气(正常的抗病力、正常的功能,当然也包括正常的内环境稳定和微生态平衡)。即使某些中药对致病微生物有抑杀作用,也不象抗菌药那样“斩尽杀绝”,而往往比较“宽容”。这种“宽容”使得少量病原微生物留在动物体内,可以刺激动物的免疫功能, 产生带菌免疫或带虫免疫效果。而且,不少单味中药往往兼有扶正(包括增强免疫功能)和祛邪(包括抑制杀病原微生物)两方面的作用, 如党参、黄连、黄芩、金银花等。复方的扶正祛邪作用就更周全了。有人甚至认为,在防治某些动物胃肠病时,中药的扶正祛邪法实质上就是调整菌群失调。
中药的双向调节特点
动物微生态系统中的微生物群落,需要生活在稳定的理化环境中。如胃肠道正常菌群所处环境中的物质性状、酸碱度、运动速度等，均要求适度，不可太过，也不可不及。而中药疗法的特点之一就是双向调节，对这种理化环境也往往有良好的双向作用。
温中止泻中药
常用于治疗酸性胃肠卡他(以肠机能紊乱为主的胃肠卡他)，而清泻胃火中药则常用于治疗碱性胃肠卡他(以胃机能紊乱为主的胃肠卡他)。也就是说，温中止泻和清泻胃火可调节动物胃肠道过酸或过碱性的内环境，这无疑对胃肠道正常菌群的生存环境是一种改善。
中药都具有某种偏性：
或偏于凉, 或偏于温, 或偏于补, 或偏于泻……。正是由于中药的这些偏性，中兽医就可以利用它来纠正动物的机能失调,使机体的不平衡状态恢复平衡。